日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长...

浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传说……来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎人”（海盗猎人：在现代，奔走在世界各地、寻找昔日海盗埋藏宝藏的人们通常被称为“宝藏猎人”。）们偶遇，在这里，随处可见不轨举动的宝藏猎的人们，不过随后在探索海底宫殿时...

自从爸爸（山口胜平 配音）和妈妈（渡边满里奈 配音）死后，霸王龙宝宝特隆（竹内顺子 配音）从此孤单一人。他小心翼翼抚平悲伤，同时下定决心成为一头坚强出色的恐龙。在此之后，特隆踏上了凶险重重的成长之旅。他翻山越岭，跋山涉水，遇到了专门做坏事的恐龙巴鲁多，同时也结识了胆小而善良的新朋友。在漫长的旅途中，特隆不仅得到了力量和勇气，也知晓了“爱”的意义……...