东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。这是一座，会议举办的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。然而不料某天，竟发生了突如其来的大规模爆炸事件！其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？以及安室背地里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。这时，现场证物上留下的指纹...

由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一...

故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入...

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑...

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子•安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣...

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新...

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰...

峰静香和佐也香母女拜托毛利小五郎保护家中的宝刀，原因是怪盗基德发出预告，将要盗取宝刀据为己有。听到谈话的少年侦探团自然不会错过这个大好机会，他们跟随小五郎和小兰来到峰家。在这里，他们遇见了蛮横的老婆婆、天真的剑客铁刃以及自信满满的风雷藏，当然还有峰家的奇怪宠物们。小五郎听信了雷藏的话，放心大胆地和剑十郎开怀畅饮起来。 到了指定时间，基德潜入峰家，不过他这一次的行动可不轻松。先是遭到宠物秃鹫的撞击，...

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。 他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过...

在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪。理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。 狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦...